HUAWEI nova 9 SE搭载了一块6.78英寸的居中挖孔全面屏，屏幕采用的是直屏设计，边框为1.05毫米，屏占比达94.85%；机身背面是星耀环设计，左上角的摄像模组采用了椭圆、星耀环的元素设计，两颗镜头分别置于上下两个大圆环之中，中间还有景深镜头、微距镜头以及闪光灯呈线性排列； 机身左右两侧都采用了一定弧度的曲面，两侧则为音量调节键与支持指纹识别的电源按钮，底部有USB Type-C接口和扬声器，顶部则配备了一个听筒扬声器和一个辅助麦克风。宽度75.55毫米，长度164.64毫米，厚度7.94毫米，重量约191克（含电池）。配有冰晶蓝、贝母白、幻夜黑三款颜色。

HUAWEI nova 9 SE采用前置1600万像素居中挖孔镜头，搭配AI自适应美颜功能可以智能改善图像过锐，噪点等问题，使成片较为清晰，后置1亿像素主镜头+800万像素超广角镜+独立景深+近4厘米独立微距镜头 ；支持多帧合成技术，将多张不同曝光参数的样张进行实时堆栈和HDR处理。在视频拍摄功能方面，实现了双景录像一次成片、前后录像一次成片等；视频后期方面，内置有剪辑应用—花瓣，应用内置剪辑模板、视频主题和音乐，还支持字幕识别、音乐自动卡点、动态照片等更多功能。

HUAWEI nova 9 SE内置Harmony OS 2操作系统，拥有简洁的视觉效果和人机交互设计，将不同APP组合成一个卡片文件夹，定制适合用户自己的使用场景；支持随意拖动和排版，帮助用户打造个人风格、体现个性的手机桌面；智慧通信，可在支持蜂窝Wi-Fi多网协同的基础上，对于弱信号AI预测、蜂窝和Wi-Fi网络连接切换，让通信较为流畅。

支持桌面宠物功能，桌面萌宠根据用户的真实生活习惯来设计宠物24小时的行为，在手机桌面上给用户带来24小时互动、关怀提醒；同时，用户可以对宠物进行喂食，根据宠物成长值来进行各种动作特效解锁。桌面萌宠上线了潮流IP“B.Duck小黄鸭”及华为主题原创IP“猫镇·布鲁斯”两个萌宠形象。HUAWEI nova 9 SE拥有4000毫安时电池，支持66瓦快充，15分钟可充到60%，35分钟即可充满。